Nel ‘600 risentì dell’influsso dello stile barocco: il vescovo Cedronio ordinò la distruzione del ciborio (una sorta di baldacchino che sovrastava l’altare), sostituendolo con l’attuale altare che si trovava in precedenza nella cripta. Furono eliminate anche la recinzione presbiteriale e parte dell’ambone con cui venne composto il pulpito oggi visibile. Sempre nello stesso periodo vennero costruiti i due mausolei dedicati ai vescovi Gallo e Carafa, oggi sulle pareti nascoste del transetto.

Il soffitto venne ricoperto da un cassettonato. Nei primi decenni del ‘900 si assiste ad un ripristino degli elementi romanici: viene tolto il cassettonato e vengono montate nuove capriate lignee, dipinte alla maniera araba. Tutti i capitelli e le colonne vengono liberati dagli stucchi e dalle decorazioni barocche.